Bei Ornithologen sind die Lofoten seit vielen hundert Jahren weithin bekannt. Die Attraktion sind die großen Vogelfelsen, die sich vor Røst im Süden bis nach Bjarkøy nördlich von Harstad an der Küste entlangreihen. Die größten und bekanntesten Vogelkolonien findet man auf Værøy und Røst. Vedøy, Storfjellet, Trenyken und Hernyken heißen die Brutfelsen, die kaum zugänglich, 250 Meter steil aus dem Meer aufragen. Alle Vogelfelsen liegen nach Westen, zur offenen See hin.

Ganz unten am Felsen, auf einer Geröllhalde aus großen Steinen, sitzen die Scharben und die Kormorane. Sie wohnen im 'Keller', weil sie nur ziemlich schlecht fliegen können. Auch hält sich hier die Gryllteiste auf.

Weiter oben findet man vor allem zahlreiche Dreizehenmöwen ( krykkje ). Sie sind aufgrund ihrer scharfen Schreie, den zitronengelben Schnäbeln und schwarzen Beinen gut zu erkennen. Auf den Vorsprüngen sitzen die Trottellumme ( lomvi ), mit Möwen verglichen, behäbig und unbeholfen, und die Tordalken (alke).

Seltener anzutreffen ist der Baßtölpel, der an vielen Stellen im Gebiet Kolonien gegründet hat. Auch der Eissturmvogel verbreitet sich über das gesamte Gebiet. Lange Zeit konnte man ihn während des Winterfischfangs hier antreffen, brütend aber erst seit 1956 auf Røst.

Auf Papageientaucher ( lundefugl ) trifft man auf Grashängen und kleineren Geröllhalden. Der flachgedrückte und gefärbte Schnabel hat ihm seinen Namen gegeben. Sie sind geschickte Taucher und Sandaal-Fänger. Sie brüten in selbstgegrabenen, bis zu 3 Meter langen Erdhöhlen. Die Zahl der Papageientaucher hat sich in den letzten 10 Jahren halbiert. Die alljährliche Heringsbrut, Hauptnahrung der Vögel, erreichte durch die Überfischung nicht mehr diese Gebiete und so verhungerten fast alle Jungvögel. Die große Zahl der Papageientaucher täuscht darüber hinweg, daß die meisten Vögel bereits sehr alt sind (bis über 20 Jahre). Damit ist die Zukunft von Værøys Wappenvogel sehr ungewiß.

Auf der Spitze der Vogelfelsen und auf niedrigen Felsinseln sitzen die Sturmmöwe, die Silbermöwe, die Heringsmöwe und die größte von ihnen, die Mantelmöwe ( svartbak ). Sie alle leben von Fisch und Abfällen, Eiern und Vogeljungen, ebenso wie die Kolkraben, von den meisten Seevögeln gefürchtete Nesträuber.

Ab Mitte August erst brüten die Sturmschwalben und Wellenläufer, erstmals auf Røst 1961 nachgewiesen. Der wichtigste Entenvogel ist die Eiderente. Früher wurden ihre Eier und Daunen eingesammelt. Weiterhin sind man aber auch Gänsesänger, Mittelsäger, Stockente, Krickente und Reiherente vertreten. Im Winter legt der Singschwan auf seinem Zug hier Rast ein.

Weiterhin sind die Lofoten aufgrund der vielen Moore und Heideflächen ein Paradies für alle Arten von Watvögeln.

Der Seeadler (havørn) baut abseits der dicht besiedelten Gebiete seinen Horst in fast senkrechter Felswand. Er lebt von der Kolonie, schlägt auch Fische, die dicht unter der Wasseroberfläche stehen, und junge, meist kranke Lämmer. Deshalb wurde jahrelang Fang auf sie gemacht. Kurz vor dem Aussterben stellte man sie unter Schutz und der Bestand hat sich recht gut erholt.

Seit einigen Jahren sind alle Vögel während der Brutzeit unter Schutz gestellt. Seitdem siedeln sich wieder mehr Kolonien an.